潔淨室一般包括潔淨區、準潔淨區和輔助區三部分。潔淨室的人流和物流路線是平麵布局的兩個核心關鍵。
人流淨化路線
為了在操作中盡量減少人活動產生的汙染，人員在進入潔淨區之前，必須更換潔淨服並吹淋、洗澡、消毒。這些措施即“人身淨化”簡稱“人淨”。
人淨用房中更換潔淨服的房間應予送風，並對入口側等其他房間保持正壓，對廁所、淋浴保持少許正壓，而廁所、淋浴應保持負壓。
物料淨化路線
各種物件在送入潔淨區前必須經過淨化處理，簡稱“物淨”。
物料淨化路線與人淨路線應分開，如果物料與人員隻能在同一處進入潔淨室，也必須分門而入，物料並先經過粗淨化處理。
對於生產流水線不強的場合在物料路線中間可設中間庫。如果生產流水線很強，則采用直通式物料路線，有時還需要在直通路線中間設多次淨化、傳遞設施。
在係統設計上，物淨用房的粗淨化和精淨化階段由於會吹落很多生微粒，所以相對潔淨區應保持負壓或零壓，如果汙染危險性大則對入口方向也要保持負壓。